Obregón inicia la reorganización de acuerdo con los intereses de los grupos triunfantes. Tiene que administrar un país arruinado, enfrentado al endeudamiento, la suspensión de créditos bancarios, la desorganización administrativa y las fuertes demandas por parte de la población. Asegura y fortalece su poder mediante políticas de alianzas.
Aunque el Ejército constituye su principal apoyo, sabe por experiencia propia que también puede ser su principal amenaza. Por lo mismo, aísla políticamente a los caudillos militares con poder local y reduce el número de los contingentes armados. Busca nuevos aliados en las organizaciones obreras y campesinas.
En materia agraria expide varias leyes a favor de la restitución del ejido (forma de posesión de la tierra que el Estado cede al campesinado). Con su política fiscal, que implanta un sistema moderno de tributación, inicia el proceso de consolidación del Estado mexicano, cuyas bases quedaron establecidas en la Constitución de 1917.
Obregón logró que su gobierno fuera reconocido antes de agosto de 1923 por casi todos los países; excepto Inglaterra, Francia, Bélgica, Cuba y Estados Unidos. Este último condicionó el reconocimiento a un replanteamiento en la aplicación del Artículo 27 Constitucional en materia de petróleo, y a la firma de un tratado de amistad y comercio. Por medio de los Tratados de Bucareli (1923), Obregón es reconocido por Washington, pero se le tilda de "entreguista", a pesar de que no hubo retroactividad con respecto al artículo mencionado. El mismo año del reconocimiento, el régimen se vería perturbado violentamente por la rebelión delahuertista, que dejó un saldo de 7 mil muertos.
La labor de Obregón en el campo educativo fue notable. En 1921 creó la Secretaría de Educación Pública, hecho que tiene gran importancia, pues desde que Carranza suprimió la Secretaría de Instrucción Pública y Bellas Artes, la educación corría a cuenta de los municipios, escasos siempre de recursos para realizar una labor eficaz en ese rubro.
